Mikrobiyom ve Mikrobiyal Biyoinformatik Çalışma Grubu


Çalışma Grubu Adı Mikrobiyom ve Mikrobiyal Biyoinformatik Çalışma Grubu
Kuruluş Tarihi 05.04.2022
Yürütme Kurulu Aycan Gündoğdu (Başkan)
Mehmet Demirci (Sekreter)
Fadile Yıldız Zeyrek (Üye)
Ö. Ufuk Nalbantoğlu (Üye)
Süleyman Yıldırım (Üye)
Telefon
E-posta agundogdu@erciyes.edu.tr
Çalışma Grubu Üyeleri

Ali Kudret Adiloğlu
Sinem Öktem Okullu
Hacer Aytekin Börü
Zeynep Taner
Mehmet Hora
Ayça Arzu Sayıner
Gülfem Terek Ece
Ceren Özkul Koçak
Muzaffer Arıkan
Şafak Kalındamar
E. Nursen Topcuoğlu
Serkan Önder
Mustafa Altındiş
Seda Sevilay Koldaş
Neslihan Taşkale Karatuğ

Amaç ve Hedefler

Genom biliminin son yıllarda göstermiş olduğu gelişmeler, kültürleme ve izolasyon olmaksızın mikroorganizmalar ile çalışılabilmesine olanak sağlayan yeni nesil yaklaşımları ortaya çıkarmıştır. Bu teknik ilerlemenin ışığında, insan ile ortak bir yaşam sürdüren ve dolayısıyla insanın bir süperorganizma olarak tanımlanmasına neden olan mikrobiyom bilmi ortaya çıkmış, mikrobiyal biyoinformatik önem kazanmıştır. Bu doğrultuda birçok ülke kendi mikrobiyom projelerini tamamlanmış, ülkesel bazda mikrobiyom profillerini ve gen havuzlarını çıkarmıştır. Yeni nesil dizileme teknolojileri ve biyoinformatik yaklaşımlarını gelişimleriyle birlikte elde edilen kanıtlar, mikrobiyom değişimlerinin sağlık ve hastalık durumlarındaki etkisini ortaya çıkartmış ve konak-mikroorganizma etkileşiminin önemini vurgulamıştır. Nörodejeneratif hastalıklardan gastrointestinal sistem hastalıklarına kadar, kanser dahil, pek çok hastalığın ortaya çıkmasında, ilerlemesinde ve/veya tedavi yanıtında mikrobiyomun rolü pek çalışma ile gösterilmiştir.

Klinik veya çevresel örneklerde bulunan binler seviyesindeki tür sayısı ve dolayısıyla milyonlar seviyesindeki genin hep birlikte dizilenebilmesi için yeni nesil dizileme teknolojileri gibi yüksek çıktı sağlayabilen sistemler henüz kısa bir süre önce bilim dünyasına sunulabilmiştir. Bu doğrultuda, günümüz mikrobiyom çalışmaları yoğunlukla iki temel DNA dizileme tekniği üzerinde şekillenmiştir. Bunlar, yalnızca seçilmiş marker dizilerin biyoçeşitliliğini ortaya koyacak şekilde 16S/18S rRNA genleri ve ITS (Internal Transcribed Spacer bölgesi) parçalarının dizilendiği amplikon dizileme ve çevresel örnekteki tüm DNA materyalinin dizilendiği metagenom dizilemedir. Amplikon dizileme, düşük maliyetli ıslak laboratuvar gereksinimi ve biyoinformatik analiz için yaygın ve yüksek hesaplama gücü gerektirmeyen iş akışlarına sahip olduğundan yaygın kullanılmaktadır.  Metagenom dizileme ise örnekten izole edilen DNA materyalinin tamamının yani tüm genomların dizilemesi ile gerçekleştirilmektedir. Amplikon dizilemede elde edilen filogenetik sinyaller taşıyan hedef genlerin ötesinde, bu yöntemde karışımdaki mikrobiyal türlerin içerisindeki tüm DNA örneklemeye ve analize açık olarak elde edilmektedir. Dolayısıyla metagenomik yaklaşımlar ile sadece taksonomik profilleme değil, mikrobiyom elamanları tarafından sentezlenen kısa zincirli yağ asitleri, ifade edilen proteinler, resistom, mobilom profilleri gibi tüm  genom tabanlı verileri elde etmek mümkündür.

Yaklaşık 15 yıllık aktif geçmişi olan mikrobiyom biliminin translasyonel dönüşümlerinden bahsetmek artık mümkündür. Mikrobiyom ya da mikrobiyota çalışmalarında kullanılan yeni nesil dizileme teknolojilerinin maliyetlerinin yüksek olmasına karşın, söz konusu analizler ülkemizde ve dünyada bazı laboratuvarlarda klinik kararların verilebilmesi için rutin kullanımdadır. Ancak, özellikle ülkemizde söz konusu analizlerin hem ıslak hem de kuru laboratuvar süreçlerinde belli standardizasyonların geliştirilmemiş olması ve analizlerin çoğunlukla bakteriler üzerine yoğunlaşması geliştirilmesi gereken konulardır. Dışkı transplantasyonu, diyet, prebiyotik ve probiyotik üzerinden mikrobiyom modülasyonu çalışmalarında ve non-invaziv yöntemlerle alınan klinik örnekler üzerinden mikrobiyoma dayalı tanı kiti geliştirme girişimlerinde önemli yollar kat edilmiştir.

Bütün bu bilimsel gelişmelerin ışığında, mikrobiyom çalışmalarında kullanılan belli yöntemlerin standartizasyonu, sonuçların yorumlanarak klinik karar destek sağlayabilecek seviye ulaştırılması, çevresel örneklerde mikrobiyom çalışma presiblerinin geliştirilmesi, bir ağ üzerinden büyük çaplı mikrobiyom projelerinin yapılması gibi konularda bilgi paylaşımı ve iş birliğinin artık ihtiyaç olduğu ortaya çıkmıştır. Bu sebeple kurulması planlanan “Mikrobiyom ve Mikrobiyal Biyoinformatik Çalışma Grubu’nun” amaçları ve hedefleri genel olarak;

  1. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti bünyesinde bu konuda çalışan meslektaşlarımız arasındaki iletişimi ve bilgi paylaşımını arttırmak,
  2. Mikrobiyom/mikrobiyota bilgisi ve uygulamalarının ülkemizde yerleşmesini sağlamak ve klinik kullanım için standartizasyon belirleme çalışmaları yapmak,
  3. Mikrobiyom bilimi ve Biyoinformatik konusunda farkındalık yaratmak,
  4. ESCMID konak mikrobiyota çalışma grubu (ESCMID study group for host and microbiota interaction group: ESGHAMI) ile iletişimi sağlayarak ortak projeler ve ortak etkinlikler oluşturmak,
  5. Mikrobiyoloji alanında çalışan meslektaşların Mikrobiyom, yeni nesil dizileme ve biyoinformatik gibi konularda ihtiyaç duyduğu kurs ve/veya eğitim programlarını düzenlemek,
  6. Sağlık Bakanlığı, Tarım ve Köy İşleri Bakanlığı gibi kurumlar tarafından gerçekleştirilecek mikrobiyota / mikrobiyom analizleri, probiyotik analizleri, mikrobiyota transplantasyonu, mikrobiyoma dayalı tanı kiti analizleri gibi konulara bilimsel katkı sunmak,
  7. Türkiye Mikrobiyom Projesi’ni tasarlamak ve TMC ağı üzerinden projeyi başlatabilmek
  8. Mikrobiyom temelli ulusal ve uluslararası projeler gerçekleştirmek
Faaliyet Raporları

Dokümanlar

 

Fotoğraflar

 

« Gruplara Dön